La boue, principal résidu du traitement des eaux usées, résulte de l’activité biologique des micro-organismes vivant dans les stations et qui transforment les matières transportées par les eaux usées. Elle est composée essentiellement de bactéries mortes, de matière organique stabilisée, de sels minéraux et d’eau.
Il existe plusieurs procédés de traitement. Après études et conseils auprès des différents organismes agrées, le conseil municipal a choisi de traiter les boues issues de la station de Flourens par le procédé RHIZOPHYTE, "procédé de traitement des boues issues des stations d’épuration à boue activée et basé sur le principe d'une déshydratation sur lits de séchage plantés de macrophytes (roseaux)". Ces derniers appartiennent à la famille des plantes à rhizomes. Ils constituent un véritable réseau de drainage, performant et rapide pour assécher les boues. Une fois égouttées, les boues se concentrent mieux et se minéralisent progressivement dans le temps grâce à la double action de l'air (maintien de conditions aérobies) et des bactéries (forte densité au voisinage des racines). L'alimentation des lits en boues fraîches se fait directement par pompage du bassin d'aération de la station d'épuration selon une fréquence adaptée
Les lits plantés de roseaux sont des ouvrages étanches avec à leur base un massif drainant reposant sur un plancher aéré. Le massif permet l'épaississement des boues tout en facilitant l'évacuation de l'eau interstitielle. Il est en outre naturellement ventilé. Sa bonne aération permet l'obtention de percolats aérobies, lesquels sont recyclés en tête de station d'épuration sans nuire à son fonctionnement.
Pour le bon fonctionnement des lits, des cycles alternant des périodes d'alimentation et de repos sont pratiqués. Les roseaux dont la partie aérienne se développe du printemps à l'automne restent en place l'hiver, période pendant laquelle les racines conservent une activité suffisante. Le procédé a été éprouvé sur plusieurs années sur différents sites.
Le roseau développe un réseau très dense de racines appelé rhizosphère. Celle-ci améliore le drainage des boues par circulation d'eau le long des tiges et des rhizomes. Elle permet une pénétration d'oxygène au cœur des boues en favorisant la ventilation naturelle du massif filtrant. Enfin, l'activité bactérienne intense le long des racines aboutit à une minéralisation importante des boues. Il en résulte l'absence d'odeur et une capacité accrue de stockage des boues.
Conçu pour stocker les boues sur plusieurs années (5 à 10 ans selon les conditions climatiques), l'évacuation des boues se fera par épandage sur des parcelles agricoles de deux agriculteurs de la commune signataires du plan d'épandage en vigueur sur Flourens. Après vidange d'un lit, la reprise des pousses de roseaux s'opère naturellement à partir des rhizomes résiduels qui demeurent sur le massif filtrant.